Předmět se věnuje složení (biotická a abiotická složka), vlastnostmi, typy a funkcemi sladkovodních ekosystémů. Mořskou hydrobiologií se předmět zabývá jen okrajově. Předmět seznamuje se vztahy organismů k prostředí a vztahy mezi organismy navzájem. Probírána bude charakteristika stojatých vod (jezera, přehradní nádrže, rybníky, aj.) i tekoucích vod (potoky, řeky) a základní charakteristiky typických nebo ekologicky významných organismů, kteří obývají jednotlivé biotopy. Další informace budou o aplikované limnologii zaměřenou na problémy znečištění vody (acidifikace a eutrofizace, civilizační specifické polutanty ve vodách, vodní květ, aj.). Náplň cvičení seznámí se základními hydrobiologickými metodami během praktických cvičení v terénu. Dále se budou mikroskopovat odebrané vzorky a určovat přítomné organismy.