Osnova témat

  • MTI/IT*Z – Informační technologie

    Sbalit vše Rozbalit vše

  • Dvě podmínky pro získání zápočtu: test a samostatná práce

    • ikona Test
      Test – neomezený počet pokusů. Nejlepší musí být na 100 %. Smysl je tedy vzdělávací, tak k tomu nepřistupujte formálně, prosím.

    • Samostatná práce

      V samostatné práci prokážete, že jste si vyzkoušeli 1–6 (podle složitosti) programy/jazyky/nástroje apod. (viz kapitolka níže), které jsme probírali (nebo jim podobné). Například skript v AutoHotkey a úprava/zobrazení radiologického snímku.

      Forma odevzdání:
      – Dokument obsahující např. screenshot či skript a krátký popisek (např. jedna věta) toho, co jste dělali.
      – Předvedení vaší práce na setkání přes Google Meet.

    • Témata samostatné práce (příklady a návrhy)

      Středníky jsou oddělena samostatná témata. Pokud zde není hypertextový odkaz, tak je někde v podkladech níže. Aspoň jedna úloha musí být z oblasti radiologie či rastrových obrazových dat a aspoň jedna úloha by měla obsahovat úpravu programového kódu (AutoHotkey, SQL, HTML, XML, příkazový řádek atd.). Ukažte, co jste se v souvislosti s tímto předmětem naučili, nikoliv, že jste kdysi cosi vytvořili. Položky psané kurzívou nevyžadují instalaci ani spouštění stažených aplikací a je možno je tak provést i na nemocničním počítači:

      • 3D Slicer (tato jediná úloha by měla stačit samotná) či jednodušší alternativy (ImageJ, ITK‑SNAP)
      • AutoHotkey; SQL (vytvořit dotaz)
      • dávkový soubor ve Windows (.bat) či PowerShell
      • spuštění programu s parametrem příkazového řádku pomocí zástupce (.lnk)
      • úprava SVG jako textu (např. v poznámkovém bloku) – počáteční soubor SVG je možno stáhnout z internetu či vytvořit například v programu Inkscape
      • registrace domény a zprovoznění webu a e-mailu na vlastní doméně (domény zdarma jsou obsazené, a to i ty s nesmyslným jménem.tk)
      • instalace Dicoogle (Java, takže spíš na lokální počítač) či Orthanc
      • instalace Nextcloud (open source alternativa k Dropboxu, Google Drive atd.) s prohlížečem DICOM (možno na běžném hostingu)
      • zobrazovák DICOM, editor rastrů (např. IrfanView)
      • NEWTON Dictate (používán v KNL) – je třeba objednat zkušební licenci pomocí formuláře
      • dvoupanelový správce souborů (Total Commander); doplněk do Firefoxu; PortableApps Plaform
      • z minulého semestru: Pentaho Data Integration; ASAP Utilities; elektronické kalendáře (ICS)
      • zprovoznit RSS čtečku
      • upozornění na mou chybu (např. v těchto materiálech či videích)
      • Referát (či přednáška, živá ukázka, presentace) na téma z radiologické informatiky, digitálního zpracování obrazu (např. BP od str. 22), počítačové bezpečnosti apod. Zapište téma do tabulky, aby bylo unikátní. Témata se mohou doplňovat a překrývat. Pokud máte stejné téma jako kolega, tak se s ním domluvte, jak na sebe navážete. Předneste jej při setkání na Google Meet – veřejném či soukromém. Smyslem je vzdělat sebe i ostatní studenty.

  • Produktivita

      • AutoHotkey a klávesové zkratky (mé podklady včetně videa)
      • Znaková sada Unicode ⊃ kódování UTF-8: 👨‍⚕️💉‍🏥💊🩸🩺🚑⚕️ℹ🛈⚒✉​🦷​​🧠​🛏​📞​🚨​🦠💪🦾🦿🦵🦶👂🦻👃🧠🦷🦴👀👁👅👄 ×μ-–)„“∑ α 𝒦 ⇒∀∆∈ꙮ 🇨🇿  𓁹𒆛𒅋, कमल, Ⰽⰰⰿⰻⰾ, 𐤊𐤀𐤌𐤋 ,ܟܐܡܠ, Ⲕⲁⲙⲓⲗ. Jak to zobrazí Chrome? Jak zapsat jméno arabského pacienta? Příklad YouTube.
      • Fonetická klávesnice
      • Parametry příkazového řádku (command line arguments): do „Spustit“ ve Windows zadat např.: firefox -new-tab https://www.tul.cz/ (viz „proměnné“)
        Totéž pomocí zástupce (.lnk)
    • ikona URL
      Užitečný software a internetové služby URL
    • ikona URL
      Nahrávka: Unicode, sw URL

  • Hardware

      • monitor (blikalo, diagnostické a klinické monitory, rozlišení, automatická kalibrace), konektory (VGA – analogový, ostatní digitální: DVI, HDMI, DisplayPort – ten v profesionálních radiologických monitorech a přenáší i data), ergonomie (sezení, myš, klávesnice, karpál)
      • vydání dat pacientovi (e-mail, CD, DVD, USB flash disk), trvanlivost médií
      • PLC, mikrokontroler
    • ikona URL
      Nahrávky (3 videa) URL

  • Obrazová data

    • barevný model (RGB, CMYK)
    • vektory (SVG, Microsoft: WMF, EMF)
    • rastry (BMP – nekomprimováno; JPEG – ztrátová, fotografie, možnost grayscale v IrfanView; PNG – nejen paleta, GIF – paleta, animace; TIFF, RAW). Barevná paleta je podmnožina barevné škály a obsahuje pouze 256 barev, které jsou použity v konkrétním obrázku. Vlastní záznam obrazu obsahuje jen odkazy na barvy v paletě (1 pixel ~ 1 bajt) a je tak úsporný. Pro radiologické snímky krajně nevhodné.
    • PDF
    • video: Kontejnerový formát souboru MP4 umožňuje uložení videa v různých kódováních jako např. H.264 (tj. MPEG-4 AVC) či H.265 (tj. HEVC). Novější kódování mají větší kompresi (menší soubor), ale větší nároky na hardware.
    • ikona URL
      Nahrávka URL

    • Photopea – online grafický editor (česky, bez nutnosti registrace)

    • GIMP – komplexní editor rastrových obrázků (česky; také jako Portable App). Umožňuje otevřít obrázek DICOM prostým přetažením.

  • Internet, aplikace, informační systémy

    • Výměnné formáty: CSV, fixed file, JSON, XML
    • URL: doména (.cz, .eu, .com, .org, .health), subdoména (m, www), protokol (HTTP, HTTPS, FTP), cesta, přípona, dotaz (?) s parametry (spojené &; marketing), kotva (#) i pro pdf, URL kódování (%). Citování, přesměrování (zkrácené URL: theses.cz, doi, youtu.be), permalink, co když nefunguje. Moje doména a web vytvořený v minulém semestru (např. Webnode). Příklad studentky
    • HTML5 (editace tohoto Moodlu,   span div), JavaScript. Příklady: NORA, Med3Web. Zdrojový kód, Prozkoumat prvek. Úprava CSS (vypnout v Nástrojích pro vývojáře, editovat ve WordPressu v šabloně i v souborech). Responzivní web. Stažení mp3, která je pouze v javascriptovém přehrávači (Prozkoumat prvek → Síť → Ostatní).
    • Nenačítá se stránka: promazat cache; ⇧+reload
    • Architektura IS:
      • databáze, databázový server, SQL interaktivně (datové typy, primární klíč, cizí klíč, vztahy, lookup table, slovník (dictionary), SELECT, JOIN, indexy, normalizace, denormalizace), DBeaver, příklad Excel, interoperabilita s Excelem (CSV, ODBC). Metadata: v souboru DICOM či v db?
      • webový server, browser (prohlížeč); webová služba (web service: příklad WMS GetMap) ⊂ API (Application Programming Interface)
      • tenký klient, tlustý klient
    • Aplikace

  • Standardy

    • HL7vsDICOM.png
      Zdroj obrázku

    • Proč standardy: datová a systémová integrace
      Problémy: zpětná kompatibilita

    • Výměna (posílání) dat („hub“)
      ePACS – platforma pro výměnu obrazové zdravotnické dokumentace ve formátu DICOM. Používá ji Krajská nemocnice Liberec (KNL).
      MeDiMed (dříve ReDiMed) – to samé, ale od Masarykovy univerzity v Brně (nepoužívá KNL).

    • ikona URL
      Nahrávka – standardy URL
    • ikona URL
      Slovníček pojmů (velmi nedokonalý) URL

  • Informační systémy v radiologii


    Zdroj obrázku

    • ikona URL
      Porovnání radiologických informačních systémů v ČR (diplomová práce včetně obecných informací o standardech i informačních systémech) URL

    • IS v KNL

      • – NIS. Obsahuje RIS.
      • JiveX – PACS

    • Další IS ze studijního plánu (odkazy na informace o nich)
      MEDICUS – ambulantní informační systém ⊃ dílčí řešení Obrazová dokumentace
      FONS Akord       – klinický informační systém ⊃ dílčí řešení Radiologie

    • medDream – online DICOM viewer; obsahuje demo snímky (které je možno stáhnout)

    • PostDICOM – online, je třeba se registrovat, hodně funkcí, nemá demo snímky

    • – online PACS, open source (tudíž si jej můžete nainstalovat, ale běžné hostingy neposkytují Javu, takže pouze na lokální počítač)

    • ikona URL
      Nahrávka URL

  • Analýza obrazu ⊃ postprocessing ⊃ segmentace

    •   3D Slicer – velmi komplexní software zaměřený na analýzu
        (postprocessing: např. segmentace). Průvodce v češtině. Mé poznámky.

      Je náročný na ovládání i výpočetní výkon. Proto můžete raději zvolit alternativy:

      • ImageJ – možno nainstalovat (Java) i použít hned online 👈 názorné – Doporučuji.
        • samostatná práce: představit a ukázat jednu metodu
      • ITK-SNAP – pouze segmentace; nutno nainstalovat (přímý odkaz na stažení bez vyplňování formuláře)

      DP z FZS: Teorie k segmentaci obrazu, informace o třech výše uvedených programech včetně pochopitelného pracovního postupu segmentace v programu ITK-SNAP.

      Související video: Vizualizace a segmentace na virtuálním pitevním stole na TUL.

  • Doplňková témata

  • Vzniklo za podpory

    Operační program Výzkum, vývoj, vzděláváníRozvoj lidských zdrojů TUL pro zvyšování relevance, kvality a přístupu ke vzdělání v podmínkách Průmyslu 4.0
    CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_015/0002329

    by-sa.png